Una parte del agua que transportan los ríos se filtra en la tierra a través de los intersticios de las rocas acuíferas y se acumulan en las napas freáticas.
En un medio donde el agua es un elemento escaso, los caudales subterráneos son aprovechados por el hombre que, mediante bombeo lo extrae hacia la superficie para reforzar los volúmenes necesarios para la vida de la provincia.
Bajo nuestros pies existen grandes depósitos de agua que pueden ser tan cuantiosos como los que corren por la superficie.
Tales acumulaciones han sido estimadas en 12 millones de hectómetros.
En 1965 el Gobierno Nacional, el Consejo Federal de Inversiones (CFI) y el Fondo Especial de las Naciones Unidas para el Desarrollo acordaron desarrollar el proyecto: «Investigación de las Aguas Subterráneas en el Noroeste Argentino», que dio origen al «Plan de Aguas Subterráneas».
El proyecto concluyó a fines de 1970 y fue tal su éxito que el equipo a cargo del mismo prosiguió trabajando y en julio de 1971 se creó el Centro Regional de Aguas Subterráneas (CRAS), mediante un convenio suscrito por el Ministerio de Obras Públicas de la Nación, el CFI y los gobiernos de San Juan y Mendoza.
En enero de 1998, el CRAS junto con otros prestigiosos organismos de investigación hídrica del país, pasó a formar parte del Instituto Nacional del Agua (INA).
En temporadas en que los principales ríos de la provincia, el San Juan y el Jáchal, erogan pobres caudales, cobran importancia las aguas subterráneas para compensar las mermas en la superficie.
Aún con las reservas de los tres diques, Ullum, Punta Negra y Caracoles sobre el curso del río San Juan, los aportes de las aguas subterráneas son igualmente importantes.
